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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已现示出大范围的生物体生物，还包括抗淋巴肿瘤和抵抗疾病毒目的。一般，三萜是借助甲羟戊酸途经自动合成的，并从本身绿植的和白色念珠菌中获取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发过了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的科学探析参考文献。该科学探析发现了三萜类化学物质虫草粉酸（GA）是完成液状体提升的无柄虫草粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学转成发生的。凭借转录组和核营养物质组学系统水平进的一步探索世界无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT发生二者野生灵芝粉酸（GA）的体制，并利用多个学系统水平验测到的不同之处dna和不同之处核球蛋白，预测DHT 生态学自动合成 GA 的方法。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和模块分为

凭借对无柄虫草真菌孢子菌丝体做好转录组测序共拥有67230个转录本和14299个单染色体。在以下单染色体中，49俩个被监定为异同体现方法染色体（DEGs），这中仅213个体现方法调整，279个体现方法再降（图1A）。GO动物聚集了解后，DEGs主要包括动物工作（BP）、生殖细胞系营养成分（CC）和原子功能模块（MF）3类。在BP分类中，突然出现了前三大子分类：抗生素类分解成基础分泌率率工作，冰醋酸盐基础分泌率率工作和甲酸盐基础分泌率率工作;而在CC分类中，生殖细胞系外区、突触pp体、突触结构设计是前三大亚类。针对MF分类，甲酸脱氢酶（NAD）渗透性酶、空气氧化呈现酶渗透性酶和酸氨（或酰胺）无线连接酶渗透性酶是前三大亚分类（图1B）。在DEGs的KEGG电磁波环路了解中，前30条动物聚集度最大的电磁波环路中含27条归于基础分泌率率，这中仅丁烷基础分泌率率、乙醛酸盐和二羧酸盐基础分泌率率、丙酸盐基础分泌率率电磁波电磁波环路取得动物聚集（图1D）。

图1|转录混合物析和模块分类管理

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

用对无柄虫草病菌菌丝体实施淀粉酶质组学动态数据分享一下一下一下，加起来确实了16,457种现代感肽、2606种淀粉酶质和2588种酶联免疫法淀粉酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的建立因素下，在此2606种淀粉酶质中，94种被检验为之间的关系抒发淀粉酶（DEPs），中仅的52种上涨，42种变动（图2A），图2C表明了之间的关系抒发淀粉酶的聚类动态数据分享一下一下动态数据分享一下一下一下热图。从GO动态数据分享一下一下一下方面看，BP等级分类表明，基本数DEPs参入乙酸盐新陈排泄历程、抗生素类降解新陈排泄历程和中成药降解新陈排泄历程。CC类DEPs在体上皮神经細胞外区、过防氮化合物酶体和微体中比率至高，防氧化的替换酶特异性酶和甲酸脱氢酶（NAD）特异性酶在MF类中DEPs的比重至高（图2B）。与转录组最终相似性，KEGG通道动态数据分享一下一下一下表明，多个DEPs在新陈排泄中聚集，中仅的3条最聚集的方式是光合动物中的碳统一、碳新陈排泄和MAPK动态数据信号通道（图2D）。凡此种种，用动态数据分享一下一下一下GO动态同时在线的CC对DEPs实施亚体上皮神经細胞追踪定位动态数据分享一下一下一下和批注（图2E），DEPs一般地理分布在体上皮神经細胞质（40.66%）、体上皮神经細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），策略上是GAs动物合并的一般选址。

图2|淀粉酶质组的酶联免疫法剖析和功能键查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

糊口物转变和对应组备选DEGs和DEPs拍摄了维恩图，有20个不同理解人类染色体（图3A）。对转录组和血清酶质组中E组和C组总共有的DEGs/DEPs开展聚类算法浅析，发觉mRNA和血清酶质中有17个调整人类染色体和7个上涨人类染色体，DEGs及其汉语翻译的DEPs理解横向呈正重要性，因为Pearson的重要性弹性系数浅析，在转录组和血清酶质组中检查到比较较高的重要性性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）探测效果体现，E组和C组1一个DEGs的展现技术水平文化差异有效，这当中9个为上涨DEGs，两个为降低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展现趋势分析与转录多组分析效果一直。

图3|核胆固醇组的定量定性分析定性分析和功能表验证通过

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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